A distância que separa o distrito de Vacaria era grande e os meios de transportes tão precários que o povo começou a lutar pela criação de uma capela em local mais próximo e acessível.
Bom Jesus foi criado em 21 de maio de 1879 com o nome de Capela do Senhor do Bom Fim (nome dado devido a devoção de Manoel Silveira de Azevedo dono das terras o qual fez uma promessa que se viltasse são e salvo da Guerra do Paraguai iria formar uma capela).
Pelos campos de Bom Jesus passaram grande mártires em operação de guerra como na Revolução Farroupilha. Entre eles aparecem Anita Garibaldi Bento Gonçalves David Canabarro etc..
O interesse político por Bom Jesus deu-se devido ao fato de haver no município o maior posto de arrecadação de impostos e controle do Governo Imperial na província do Rio Grande de São Pedro localizado no Rio Pelotas no chamado Passo de Santa Vitória ou Guarda Velha.